Master thesis (TFM) offered at TOMSBio lab

(1) Elicitación de cultivos celulares vegetales y aproximaciones ómicas para estudiar la producción de metabolitos secundarios con interés terapéutico.

Los compuestos vegetales derivados del metabolismo secundario constituyen una rica fuente de beneficios para la salud en la nutrición humana, pero también representan los componentes básicos en el desarrollo de nuevos productos farmacéuticos. No obstante, algunos de estos compuestos están restringidos temporal y espacialmente a ciertos grupos taxonómicos. La expresión genética de las rutas involucradas en el metabolismo secundario está fuertemente influenciada por el entorno (factores bióticos y abióticos). Aun más, muchas rutas sólo se activan si son elicitadas (por ej., por hormonas o moléculas secretadas por patógenos). El uso de cultivos celulares vegetales tiene como ventaja de que todos los factores endógenos y exógenos pueden controlarse y monitorearse fácilmente, lo que nos provee de modelos de estudio simplificados para las rutas involucradas en la generación de moléculas complejas. Además, son fácilmente escalables para su utilización en la industria biotecnológica. En TOMSBio Lab combinamos técnicas de cultivo in vitro y crecimiento de cultivos celulares con aproximaciones ómicas (metabolómica, transcriptómica, etc.) para estudiar el efecto que tienen distintos elicitores sobre la regulación y expresión del metabolismo secundario. Como modelos de estudio utilizamos cultivos de vid (Vitis vinífera), mora (Morus alba) y otras especies de interés farmacéutico.

Palabras clave: cinética del metabolismo, fluxómica, RNA-seq, resveratrol.

(2) Identificación a escala genómica de sitios de unión de reguladores transcripcionales del metabolismo secundario en plantas.

Las plantas fabrican metabolitos especializados que ayudan en la interacción y la supervivencia con su entorno. Estos compuestos, denominados «metabolitos secundarios», constituyen una fuente rica de beneficios para la salud. En nuestro grupo de investigación estamos interesados en la regulación transcripcional del metabolismo secundario, estudiando cómo los factores de transcripción (FTs) regulan los genes estructurales de vías metabólicas en plantas. Esto ha incluido análisis genómicos de las familias de FTs, con interés en los enfoques de biología de sistemas que integran la transcriptómica y conjunto de datos de metabolómica. El enfoque actual del laboratorio es el estudio de redes reguladoras de genes que controlan el metabolismo de fenilpropanoides e isoprenoides. Este proyecto intenta descifrar las redes reguladoras de estas vías utilizando como sistemas modelo los frutos de tomate y vid, dos cultivos frutales de importancia económica que constituyen una buena fuente de metabolitos secundarios. Dentro de las actividades se considera el uso de técnicas de biología molecular (ej. aislamiento de genes y clonamiento en vectores de traducción in vitro, caracterización de mutantes CRISPR-Cas y técnicas ómicas de identificación a escala genómica de sitios de uniónde FT).

Palabras clave: DAP-seq, redes de co-expresión, factores R2R3-MYB.

Proyectos Asociados:

Programa Ramón y Cajal 2017

Plan Nacional Generación de Conocimientos 2018

Contacto:

Tomás Matus. Grupo de Regulación Transcripcional del Metabolismo

Institute for Integrative Systems Biology (I²SysBio, Universitat de València-CSIC)

e-mail: tomas.matus@uv.es